Desa Panjangrejo merupakan daerah dengan permukaan datar dengan kemiringan 0-8% yang memiliki rata-rata ketinggian tempat yaitu kurang lebih 1520 mdpl.
Secara geografis wilayah Desa Panjangrejo merupakan dataran rendah dan relatif subur, namun merupakan wilayah rawan banjir utamanya krapyak kulon, Pedukuhan Semampir, Pedukuhan Krapyak Wetan dan Pedukuhan Gunungpuyuh. Dan juga sebagai tempat Rawan Gempa Bumi di tahun 2006 terpusat di Pundong.
Kondisi Sosial dan Ekonomi Jenis mata pencaharian penduduk di Desa Panjangrejo terbanyak yaitu di bidang pertanian.
Desa Panjangrejo sebagian besar memproduksi gerabah souvenir dengan metode cetakan, namun ada juga yang membuat perkakas rumah tangga dengan metode putar.
Dari yang tradisional seperti maron (tempat air), padasan (tempat wudlu), tungku dan produk yang telah dikembangkan seperti wine cooler (tempat botol), tempat lilin, kap lampu, nampan, topeng, patung, dan berbagai souvenir. Selain itu kelompok UMKM yang berada di dusun semampir memproduksi berbagai macam olahan pepaya.

Luas wilayah Desa Panjangrejo Kurang Lebih 528.3580 Ha

Batas-batas Kalurahan :
- Utara                        : Kalurahan Srihardono
- Selatan                     : Kalurahan Seloharjo dan Desa Donotirto
- Timur                        : Kalurahan Srihardono                                                             
- Barat                        : Kalurahan Mulyodadi dan Sidomulyo 

Batas Kapanewon :
- Utara               : Jetis
- Selatan            : Kretek
- Timur               : Imogiri
- Barat               : Bambanglipuro