Desa Pendowoharjo lahir tepat pada tanggal 26 Desember 1946 setelah digabung yang asal mulanya berasal dari 5 (lima) kalurahan lama antara lain:
1). Karanggede yang terdiri dari Pedukuhan  Dagen dan Pedukuhan  Cepit.
2). Ngrukem yang terdiri dari Pedukuhan Sawahan, Pedukuhan Krandohan, Pedukuhan Ngimbang  dan Pedukuhan Miri.
3). Bandung yang terdiri dari Pedukuhan Bandung, Pedukuhan Ngaglik, Pedukuhan Monggang dan Pedukuhan Kaliputih.
4). Krantil yang terdiri dari Pedukuhan Blunyahan , Pedukuhan Pucung dan Pedukuhan Diro.
5).  Pendowo yang terdiri dari Pedukuhan Rogoitan, Pedukuhan Banyon dan Pedukuhan Pendowo.

Desa Pendowoharjo merupakan bagian integral dari wilayah Kabupaten Bantul yang terdiri dari 75 (tujuh puluh lima) desa.
Desa Pendowoharjo memiliki luas wilayah 6.980,170 Ha yang secara administratif 
Pemerintahan terbagi dalam 16 (enam  belas ) Pedukuhan dan 94 RT

Wilayah Desa Pendowoharjo terletak di Kecamatan Sewon Kabupaten Bantul dengan batas-batas wilayah sebagai berikut :
- Sebelah Utara            : Desa Tirtonirmolo
- Sebelah Timur            : Desa Timbulharjo
- Sebelah Selatan         : Desa Bantul
- Sebelah Barat            : Desa Bangunjiwo 


Penggunaan lahan merupakan informasi yang menggambarkan sebaran pemanfaatan lahan.
Dalam kurun waktu lima tahun terakhir penggunaan lahan tersebut mengalami perubahan, perubahan penggunaan lahan yang cukup signifikan terjadi pada jenis tanah sawah.
Jika ditinjau dari aspek pertanian, meskipun terjadi perubahan penggunaan lahan sawah namun luas lahan pertanian yang ada masih mampu untuk mencukupi kebutuhan dan ketersediaan pangan bagi masyarakat.
Namun demikian alih fungsi lahan tersebut harus dikendalikan secara ketat agar tidak mengancam potensi pertanian dan ketersediaan bahan

Potensi Pertanian desa Pendowoharjo memiliki Sawah 333 Ha dengan 1:
- 6 Kelompok Tani
- 7 kelompok P3A
- 1 Kelompok GP3A
- 1 kelompok Wanita Tani
- 1 kelompok Lembaga Distribusi pangan Masyarakat-
4 kelompok ternak dan semua tergabung dalam kelompok tani tingkat Desa yang disebut Gapoktan.


Potensi Industri Desa Pendowoharjo mempunyai produk unggulan yaitu Kipas bambu yang terpusat di Pedukuhan Banyon, besek di Pedukuhan Kaliputih  dan kreneng di Pedukuhan Monggang.
Potensi Wisata  yang bisa dikembangkan di Desa Pendowoharjo : Wana Desa yang terletak di Dusun Cepit dan Arung jeram yang berada di Sungai Bedog yang arusnya sepanjang musim terjaga.

Potensi Investasi
- Wanadesa yang berada di Pedukuhan Cepit.
- Telaga Desa yang berada di Pedukuhan Banyon.
- Wisata Air / Arungjeram yang berada di Sungai Bedog sebagai tujuan Wisata
- Industri Kipas Bambu Di Pedukuhan Banyon


Struktur perekonomian yang berada di Desa Pendowoharjo termasuk sektor yang paling utama mendukung perekonomian Desa antara lain sektor pertanian masih mempunyai andil terbesar baru disusul sektor perdagangan dan jasa.

Lembaga-lembaga Perekonomian yang berada di Desa Pendowoharjo diantaranya:
1). LDPM ( Lembaga Distribusi Pangan Masyarakat )Sebuah lembaga yang berada di Desa dikelola  oleh Gapoktan yang bertujuan untuk mengendalikan distribusi pangan masyarakat dan memberikan nilai tambah bagi petani ( dengan operasi tanda jual) yang dikoordinir oleh Gapoktan melalui LDPM
2). BKM/ KSPDengan beroperasinya koperasi simpan pinjam di masyarakat dan yang dikelola oleh BKM, maupun oleh kelompok simpan pinjam perempuan diharapkan masyarakat mudah didalam mengakses permodalan didalam mengembangkan usahanya.
3). BankDengan beroperasinya bank yang berada di wilayah Desa Pendowoharjo diharapkan masyarakat, lembaga/ kelompok bila mau mengakses permodalan yang lebih besar tidak perlu jauh-jauh ke kabupaten atau bank yang lain.
1).LKM –PUAP Pengembangan Usaha Ekonomi Pedesaan (PUAP) merupakan salah satu kegiatan yang dikelola oleh Gabungan Kelompok Tani (Gapoktan) Desa pendowoharjo untuk membantu memberdayakan petani kurang mampu agar dapat mengembangkan usahanya (Agribisnis Pertanian)melalui pinjaman modal kelompok pelayanan dilaksanakan 2 (dua)kali dalam sebulan tiap tanggal 15 dan 30.