Desa Candirejo merupakan salah satu bagian penting  dari pereodisasi perjalanan sejarah Kabupaten Gunungkidul, Kecamatan Semanu dan Daerah Istimewa Jogjakarta, baik yang berupa peninggalan cagar budaya dan warisan budaya yang ada di Desa Candirejo, dari masa kemasa terus mengalami perubahan dan perkembangan. Dahulu  sebelum zaman kemerdekaan   di wilayah Kapenewon Semanu terdapat dua kalurahan yang berdekatan yaitu Kalurahan Panggul dan Kalurahan Cuwelo yang masing-masing membawai beberapa wilayah Padukuhan, meliputi Padukuhan Nangsri Lor, :Padukuhan Nangsri Kidul, Padukuhan Gunung Kunir, Padukuhan Panggul Kulon, Padukuhan Panggul Wetan, Padukuhan Panggil Tengah, Padukuhan Plebengan Kidul. dan Padukuhan Plebengan Lor bagi Kalurahan Panggul, dan Padukuhan Gebang, Padukuhan Soka. Padukuhan Cuwelo Kidul, Padukuhan Pace, Padukuhan Kropak, Padukuhan Mranggen, Padukuhan Bulu, dan Padukuhan Jati bagi Kalurahan Cuwelo. 
Setelah Kemerdekaan Negara Republik Indonesia, tepatnya tahun 1946 Pemerintah Kabupaten Gunungkidul dan Kapenewon Semanu melakukan penataan wilayah, termasuk wilayah kalurahan Panggul 8 Padukuhan dan Wilayah Kalurahan Cuwelo 8 Padukuhan yang selanjutnya di gabung menjadi satu wilayah Kalurahan, dari gabungan  dua wilaya Kalurahan tersebut dengan pertimbangan geografis  digabungkan dua wilayah Padukuhan pecahan dari Kalurahan Jragum yaitu Padukuhan Soga dan Padukuhan Pucangsari sehingga terbentuklah Kalurahan Candirejo Yang membawahi 18 Padukuhan. Selanjutnya Kalurahan  Candirejo melakukan pemekaran 2 wilayah Padukuhan Cuwelo menjadi Padukuhan Cuwelo Kidul dan Padukuhan Cuwelo Lor dan Wilayah Plebengan dari 2 Padukuhan menjadi  3 Padukuhan, Plebengan Lor, Plebengan Tengah dan Plebengan Kidul sehingga wilayah Kalurahan Candirejo menjadi 20 Padukuhan. Perubahan dan perkembangan Desa Candirejo hingga saat ini menjadi Desa  yang berbenah untuk mensejahterakan wilayah dan masyarakat Desa Candirejo.