Baleharjo adalah desa di kecamatan Wonosari, Gunungkidul, Daerah Istimewa Yogyakarta, Indonesia. Sebagian besar masyarakat Baleharjo pemeluk agama Kristen Protestan.

Sejarah Desa Baleharjo 
Pada zaman Mataram bersama dengan berdirinya kota Wonosari (aslinya WONO ASRI) Baleharjo merupakan wilayah yang tak terpisahkan dari kekuasaan Demang Piyaman Wonopawiro.
Pada saat itu pemerintahan ada di Pademangan Piyaman, sedang Baleharjo, Wonosari, Seneng dan sekitarnya termasuk geografisnya Demang Piyaman (WonoPawiro). Meskipun berada dalam pemerintahan Ronggo Puspowilogo di Seneng. Demang Piyaman ingin membuka wilayah dan mengembangkan pemerintahannya dengan babad alas Wonosari tersebut dan disebelah timur WANA yang ditebangi itu terdapat pohon BESOLE, maka wilayah itu ketimur ( dulu pohon Besole dibelakang toko AMIGO) adalah wilayah Besole, sampai Gedangan/sekarang Gedangsari.
Kyai CETHO, Kyai COKRODONO, orang sakti yang ikut babad alas disekitar pohon besole sedang NYI SARIAH bertugas untuk mencari jatah untuk menghidupi wadyabala yang ikut melaksanakan penebangan hutan Besole dan sekitarnya.
Ketiga tokoh ini setelah tentram tidak mau melakukan pisowanan ke Mataram, tetapi lalu membuat padepokan yang konon di Resan Purwosari dulu juga ada rumah yang menghadap ke utara, ada sumur dan peralatan lain dibawah pohon yang rindang.
Kembali ke kesaktian ketiga prajurit tersebut, karena terlalu sakti ketiganya mukswa yang sekarang sebagai pengayom Desa Baleharjo.
Sedang perubahan Desa Besole ke Desa Baleharjo, terjadi pada pemerintahan Lurah setelah Kyai KARTO PAWIRO, atau pada waktu setelah merdeka.
Adapun pengganti nama-nama padukuhan dilakukan oleh Lurah BARJO YUWONO setelah meletusnya G 30 S PKI.( Saduran dari RPJMDes ).