emerintah Kalurahan Margokaton masuk dalam wilayah Kecamatan Seyegan, Kabupaten Sleman, Daerah Istimewa Yogayakarta. Kantor Pemerintah Desa Margokaton beralamat di Jl. Kebon Agung Km. 17 , Susukan III, Margokaton, Seyegan, Sleman, 55561.

1. Luas WilayahKalurahan Margokaton secara administrasi menempati area seluas 19,33% (515 Ha) dari luas Kapanewon Seyegan (26,63 Ha), dibagi menjadi 12 padukuhan, yaitu :
   1. Padukuhan Susukan I
   2. Padukuhan Susukan II
   3. Padukuhan Susukan III
   4. Padukuhan Somokaton
   5. Padukuhan Ngaran
   6. Padukuhan Planggok
   7. Padukuhan Grajegan
   8. Padukuhan Bolu
   9. Padukuhan Nyamplung
   10. Padukuhan Seyegan
   11. Padukuhan Sonoharjo
   12. Padukuhan Bantulan
2. Batas WilayahLetak Kalurahan Margokaton berada di daerah yang strategis dan berada di jalur jalan raya Jogja – Kebonagung, dengan batas-batas wilayah sebagai berikut :
   1. Sebelah Utara : Kalurahan Banyurojo, Kapanewon Tempel
   2. Sebelah Timur : Kalurahan Margodadi, Kapanewon Seyegan
   3. Sebelah Selatan : Kalurahan Margodadi, Kapanewon Seyegan
   4. Sebelah Barat : Kalurahan Sendangrejo, Kapanewon Minggir
3. Keadaan IklimSecara umum, kondisi iklim di Kalurahan Margokaton berciri iklim tropis yang ditandai dengan pergantian musim kemarau dan musim hujan sepanjang tahun. Rata-rata curah hujan di Kalurahan Margokaton sama dengan di daerah sekitarnya di kapanewon Seyegan, yaitu berkisar antara 1900-2334 mm/tahun. Temperatur udara di Kalurahan Margokaton berkisar antara 26.5°–28.8 °C. Curah hujan tahunan rata-rata di kalurahan Margokaton dan sekitarnya berkisar antara 1.895–2.326 mm/th. Bila berdasarkan perhitungan imbangan air secara klimatologis, surplus air tahunan berkisar antara 566–5.180 mm/th. Dari data yang ada Kalurahan Margokaton mempunyai curah hujan sedang. 
4. Keadaan AirWilayah Kalurahan Margokaton memiliki sumber mata air yang ketika musim penghujan sangat tinggi debit airnya, tapi di beberapa wilayah akan berkurang debitnya ketika musin kemarau. Mata air tersebut dimanfaatkan untuk sumber air minum, pengairan dan peternakan yang pemanfaatannya tidak hanya untuk masyarakat Margokaton.