Desa Ngestiharjo terbentuknya Berdasarkan Maklumat Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta tahun 1946 mengenai Pemerintah Kelurahan, maka Kelurahan di wilayah ini dulunya hanya Kelurahan Kembang, Onggobayan, dan Sutopadan digabung menjadi satu "Kelurahan Yang Otonom” dengan nama kelurahan Ngestiharjo.
Nama tersebut kemudian secara resmi ditetapkan berdasarkan Maklumat Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 5 tahun 1948 tentang perubahan daerah-daerah Kelurahan. Sampai saat ini Desa Ngestiharjo memiliki 12 dusun yaitu Tambak, Sumberan, Soragan, Cungkuk, Kadipiro, Sonosewu, Jomegatan, Janten, Sonopakis Lor, Sonopakis Kidul, Onggobayan, Sidorejo.

Wilayah Desa Ngestiharjo adalah wilayah berbatasan langsung dengan perkotaan sehingga akses menuju ke kota, kecamatan, kota provinsi cenderung lebih dekat ketimbang dengan ibukota kabupaten.Desa Ngestiharjo terletak pada posisi 115. 7.20 LS 8. 7.10 BT, dengan ketinggian kurang lebih 250 M diatas permukaan laut. Tipologi Desa Ngestiharjo memiliki daerah persawahan, perladangan, perkebunan, peternakan, kerajinan industri kecil, dan jasa perdagangan, dari bebarapa karakteristik yang dimeliiki Desa Ngestiharjo memilki luas wilayah 510 ha.Letak administrasi Desa Ngestoharjo bersebelah dengan beberapa desa dan dusun yaitu :
- Sebelah Utara : Desa Trihanggo
- Sebelah Selatan : Desa Tirtonirmo
- Sebelah Barat : Desa Banyuraden Dan Desa Tamantirt
- Sebelah Timur : Kelurahan Tegalrejo Dan Kelurahan Wirobrajan

Jarak Desa Ngestiharjo dari pusat pemerintahan yaitu :
- Jarak Dari Pusat Pemerintahan Kecamatan Kasihan : 3 Km
- Jarak Dari Pusat Pemerintahan Kota Yogyakarta : 3 Km 4
- Jarak Dari Kota/Ibukota Kabupaten : 12 Km
- Jarak Dari Ibu Kota Provinsi : 15 Km